Ngay sau khi tin của bộ Công an là ông Thanh ra đầu thú được công bố, nhà báo Lê Trung Khoa chủ biên tờ báo Thoibao.de đã dò hỏi qua cảnh sát, công tố viện và luật sư của ông Thanh và loan báo cùng ngày qua một cuộc hội nghị truyền hình với đài BBC và sau đó trên trang báo của ông là ông Thanh đã bị bắt cóc bởi một nhóm người Việt.[22][23] Ngày sau báo TAZ của Đức đăng và đưa thêm chi tiết.[24] Ngày sau nữa thì phát ngôn viên bộ Ngoại giao Đức chính thức xác nhận các tin trên và cáo buộc Việt Nam vi phạm luật Đức và luật quốc tế khi cho người bắt cóc ông Thanh, Dần dần các tin tức được thêm vào, ta có thể mô tả lại phiên bản của chính quyền và báo chí Đức như sau:

Ngày 23 tháng 7 năm 2017 tại Berlin, lúc 10 giờ 40 ông Trịnh Xuận Thanh cùng 1 người phụ nữ, được cho là người tình (Đỗ Thị Minh Phương) của ông Thanh 26 tuổi đến từ Việt Nam vào ngày 19 tháng 07, đã bị nhóm đối tượng người Việt Nam dùng vũ lực khống chế bắt cóc tại công viên Tiergarten, đưa lên một chiếc xe đợi sẵn có biển số Séc. Sự việc xảy ra ở phía trước của khách sạn Sheraton ở quận Tiergarten Berlin, nơi người phụ nữ này cư ngụ.[3][22][23][25] Theo báo B.Z., người phụ nữ này được Mật vụ Việt Nam cho chiếc xe biển Séc đó ra đón vào cùng ngày tại phi trường Tegel, rồi chở cô ta đến gặp ông và sau đó dùng vũ khí và vũ lực lôi họ lên xe. Các nhân chứng nghe tiếng kêu la đã ghi lại biển số xe và điện thoại báo động cảnh sát. Tại hiện trường chỉ còn lại cái điện thoại thông minh của ông Thanh.[12] Cũng theo dữ liệu GPS lưu trữ, chiếc xe này sau đó chạy đến tòa đại sứ Việt Nam đậu 5 tiếng[25] trước khi đến Praha, thủ đô CH Séc. (Để tránh mất cắp nên có những xe thuê mướn được trang bị hệ thống định vị GPS cho nên toàn bộ lộ trình chiếc xe di chuyển đều được lưu trữ lại qua hệ thống định vị GPS.) Một tuần trước đó, đich thân Trung tướng Đường Minh Hưng – Phó Tổng cục trưởng Tổng cục an ninh, Bộ Công an đã bay sang Berlin, mật vụ Việt Nam đã mướn ở Prag một xe bus VW và một xe BMW X5 tại Prag lái sang Berlin. Hai người bị bắt cóc sau đó, người phụ nữ 26 tuổi tên D. đã bị 2 mật vụ Việt Nam đi kèm về Việt Nam trong một chuyến bay ngay trong đêm đó. Còn ông Thanh được chở về Việt Nam bằng một chuyên cơ cho mướn để chở bệnh nhân.[25][26] Theo báo TAZ số ra ngày 02 tháng 08 năm 2017, bà luật sư Schlagenhauf của Trịnh Xuân Thanh cho biết, người phụ nữ bị bắt cóc cùng Trịnh Xuân Thanh là một nhân viên làm việc ở Bộ Công thương, cô đã bị gãy tay khi cô cùng với Trịnh Xuân Thanh bị xô đẩy lên chiếc xe bắt cóc, và sau đó được đưa về Việt Nam, theo "the Guardian" 2 ngày sau đó được chữa trị trong bệnh viện Việt-Đức ở Hà Nội với sự canh giữ của công an.[5][11][27][28]

Theo các luật sư kể lại thì ngày hôm sau vụ bắt cóc, ông Thanh có hẹn nói chuyện tại cơ quan làm việc về vấn đề tị nạn. Vì ông không tới, và không trả lời điện thoại, luật sư tị nạn mới nói chuyện với cơ quan an ninh thành phố, còn bà luật sư khác của ông thì gọi điện thoại cho cảnh sát hình sự bang Berlin. Ở đó họ bảo bà phải nói chuyện với cơ quan bảo vệ quốc gia (Staatsschutz). Lúc 10 giờ 50 phút bà gửi một email tới đó bày tỏ lo lắng là có thể ông Thanh đã bị phía Việt Nam bắt cóc. Ba giờ sau một nhân viên ở đó gọi lại trả lời cho biết là còn quá ít cơ sở để có thể vào cuộc, và đề nghị các luật sư làm thủ tục trình báo người bị mất tích. Đến ngày hôm sau thì cảnh sát mới xác nhận vụ bắt cóc [12].

Theo tờ báo Đức TAZ đầu thâp niên 1990 ông Thanh đã từng làm đơn xin tị nạn chính trị ở Đức, nhưng sau đó lại tình nguyện trở về Việt Nam. Từ tháng 9 năm 2016, một lệnh bắt giam được gửi tới Europol, nhưng ông Thanh không bị truy nã ở Đức với lý do: các cáo buộc "vi phạm luật lệ Việt Nam" là không cụ thể.[24] Chính phủ Việt Nam đã dùng con đường chính thức, nói chuyện với cả chính phủ Đức về vấn đề này tại hội nghị thượng đỉnh G-20. Theo báo Bild ngày 16 tháng 8 thì chính thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đích thân nói chuyện với thủ tướng Merkel xin dẫn độ ông Thanh.[29] Nhưng cho đến nay họ vẫn chưa làm đơn chính thức xin dẫn độ ông Thanh [12].

Ngày 10 tháng 8, các báo lớn Đức đều đưa tin là Viện Công tố Liên bang (Bundesanwaltschaft) nhận đảm nhiệm điều tra mà trước đây do Viện Công tố Berlin phụ trách vì nghi vấn hoạt động gián điệp nước ngoài (điều 99 Luật Hình sự) và tước đoạt tự do của con người (điều 239 Luật Hình sự). Viện này cho biết, Việt Nam đã rút đơn đề nghị dẫn độ ông Thanh, người đang nộp đơn xin tị nạn tại Đức và theo kết quả điều tra hiện thời, các nạn nhân đã bị đưa vào tòa đại sứ trước khi bị đưa về Việt Nam.[30][31][32]

Ngày 15 tháng 8, báo SZ cho biết, hồi tháng 7 một nhóm đặc nhiệm của mật vụ Việt Nam đã được đưa từ Việt Nam sang Berlin để dùng bạo lực dẫn độ Trịnh Xuân Thanh và đội này ở trong một khách sạn gần cửa hàng bách hóa Kaufhaus des Westens (Ka De We). Hiện họ bị truy nã khắp châu Âu. [33]

Ngày 16 tháng 8, Bộ Ngoại giao Đức cho VOA Việt Ngữ biết chính phủ Việt Nam đã tiếp cận Đức và đề nghị đối thoại. [34]